平菇菌盖充分展开后，菇盖重叠呈复瓦状，颜色由褐色变成灰白色，或子实体的菌盖到商品要求的大小时，即可采收。采收过迟，不但重量减轻，而且质量下降，也不利下一潮菇的发生。成熟的菇体会飞散出大量孢子，布满菌盖的表面，形成一层粘液，影响菇体的外观，也可能会引起子实体腐烂。工作人员容易引起过敏反应，不利身体健康。采菇的当天早上，在菇房内适当喷水雾，保持菇盖鲜嫩不卷曲，增加重量，也可以抑制飞扬的孢子。
采收的方法：一手按着培养料，一手捏着菌柄扭转，这样可以不影响其他菌蕾的生长。若子实体丛生的，宜用小刀紧贴基部割下；不要留下菌柄，以免后来腐烂，影响菌丝的生长。
采收结束后，把菇床表面的老根，平菇的残片都要清理干净。把床面的菌丝轻轻松动，以利水分渗入培养料内和增加透气。停止喷水，开门窗，通风1－2天，让菌丝稍收缩，积累养分。然后，向菌床及空间喷水，喷水后重新把薄膜盖上，约7－10天后，第二潮菇蕾出现，再掀去胶膜，按前面的方法管理。一批培养料，可产菇3－4潮。
平菇以鲜食为主，采收后应放置于阴凉，干爽，通风良好的地方，一般可存放3－7天。若鲜菇的短途运输，宜用竹筐或纸箱，先铺上牛皮纸再轻轻排放菇体，要放得紧贴，不要有松动，以免在运输过程出现震动折断菌盖。子实体适宜于12－15摄氏度存放。