食用菌的保健和药用价值很多，其主要特点有：
1.提高机体综合免疫水平：长期食用食用菌，能增强机体综合免疫水平。食用菌的多种药用作用都是通过这些免疫水平的提高达到的，而不是像西药那样直接作用。也正因如此，食用菌成了我国传统的中药，在古代多种农书医书中都有固本、益气、补中、解毒等功用的记载。在食用菌生产实践中，人们观察到，在香菇采收季节采菇工人不患感冒。2.抗肿瘤：科学研究表明，众多的高等真菌是抗癌新药的重要来源之一。现已发现，现已广泛栽培的香菇、平菇、双孢蘑菇、木耳、毛木耳、滑菇、灵芝、灰树花、猴头、蜜环菌、假蜜环菌等，野生菌松茸、苦白蹄、香栓菌、树舌、云芝等都有抗肿瘤作用，香菇、金针菇、滑菇和松茸的抗肿瘤活性分别达80.7％，81.1％，86.5％和91.8％。食用菌中抗肿瘤的活性成分主要是多糖、多糖肽、双链RNA等。3.预防和辅助治疗心脑血管系统疾病：常见的心脑血管系统疾病有高血压症、高血脂症、动脉粥样硬化、脑血栓等。长期食用食用菌，能有效地预防这些疾病，对心脑血管疾病患者也有较好的辅助疗效。实验表明，高血压和高血脂患者每天食用0.5公斤平菇，20天就可明显见效。有关医学研究还表明，长期食用香菇、平菇、金针菇等食用菌，可以降低人体血清中胆固醇的含量；木耳和毛木耳含有破坏血小板凝聚的物质，可以抑制血栓的形成；凤尾菇通过降低肾小球滤速起降血压作用，对肾型高血压有较好的食疗效果；灵芝可有效地降低人体的血液粘稠度。因此，食用菌是各种心脑血管疾病患者的理想疗效食品。起这一作用的主要是食用菌中的各种不饱和脂肪酸、有机酸、核酸和多糖类物质。4.抗菌消炎作用：食用菌产生多种抗生素，可消炎去痛，现已知的抗生素已达近百种，如假蜜环菌产生的假蜜环菌甲素和假蜜环菌乙素，可以治疗胆囊炎和慢性肝炎，猴头菌素对消化系统的炎症有特效。5.其它：除上述药用功能外，食用菌尚有抗病毒、调节内分泌、保肝护肝、清热解表、镇静安神、化淤理气、润肺祛痰、利尿祛湿等功效，如香菇的干扰素诱导物质的抗流感病毒作用，鸡腿菇和蛹虫草的降血糖作用，灵芝和猴头菇的保肝护肝作用，双孢蘑菇和虎皮香菇的清热解表作用，蜜环菌的镇静安神作用，灵芝、金耳、银耳的润肺止咳化痰作用，灵芝的利尿祛风湿作用等食用菌类可分野生菌与人工栽培菌两类。野生的约有多种，味鲜美，如口蘑、鸡油菌等。栽培的食用蕈类主要有洋蘑菇、香菇、银耳、黑木耳等。食用蕈类的营养素含量并不突出，但风味佳美，是烹调菜肴的佳品，同时有些种类还有一定的保健作用和药用价值。香菇，或者猴头菇，甘平，开胃，治溲浊不禁。痧豆后、产后、病后忌之。性能动风。含有许多种氨基酸，还含有降低血脂的物质，还是一种抗佝偻病的食物，可治肠风下血、子宫颈癌。木耳。性味甘、平，功能为益气不饥，润肺补脑，轻身强志，断谷治痔，和血养荣。含有蛋白质、脂肪、糖和无机盐。主治崩中漏下、痔疮出血、高血压、血管硬化、便秘等。可减少血液凝结，有防治动脉粥样硬化、冠心病的作用。
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