大多数的食用菌中都含有种类齐全的氨基酸和丰富的维生素，能降低胆固醇，防止心血管病，含有各种酶，能利尿、健脾胃、助消化及含有强身滋补，清热解毒、抗病毒和抗癌等药效成分。但是不同的食用菌含有不同的药效成分。
（1）防癌作用
松乳菇的热水提取物的抑癌率为91.8%，滑菇、香菇、金针菇。抑癌率在80.7%—86.5%；这种具有抑癌作用的提取物主要是多媒体、多糖蛋白等。从香菇中分离出6终以上多糖体，主要成分为以β-1,3-糖苷键相结合的直链多聚葡萄糖，具有较强的抗肿瘤作用；从金针菇子实体的水提取液中的到的碱性蛋白，称为朴菇素，对肿瘤有疗效。
(2)抗菌消炎作用
在食用菌菌种培养过程中，在菌管、菌瓶和菌袋上出现抑菌线，这是由于食用菌产生的抗生素起了作用。食用菌产生所中抗生素，可消炎去痛，现已知的抗生素已达近百种，如假蜜环菌产生的假蜜环菌甲素和假蜜环菌乙素，可以治疗胆囊炎和慢性肝炎，猴头菌素对消化系统的炎症有特效。
（3）预防和辅助治疗心脑血管疾病
实验表明，高血压和高血脂患者每天使用0.5公斤平菇，20天就可明显见效。有关医学研究还表明，长期食用香菇、平菇、金针菇等食用菌，可以降低人体血清中胆固醇的含量；木耳和毛木耳含有破坏血小板凝聚的物质，可以抑制血栓的形成；凤尾菇通过降低肾小球滤速起降血压作用，对肾型高血压有较好的食疗效果；灵芝可有效的降低人体的血液粘稠度。因此，食用菌是各种心脑血管疾病患者的理想疗效食品。这一作用的主要是食用菌中的各种不饱和脂肪酸、有机酸、核酸和多糖类物质。
（4）、提高机体综合免疫水平
长期使用食用菌，能增强机体综合免疫水平。食用菌的多种药物作用都是通过这些免疫水平的提高达到的，而不是像西药那样直接作用。也正因如此，食用菌成了我国传统的中药，在古代多种医术中都有固本、益气、补中、解毒等功用的记载。在食用菌生产实践中，人们观察到，在香菇采收季节采菇工人不患感冒。
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